Pochodził z możnej rodziny. Jego ojciec był oficerem cesarskim. Wcześnie osierocił syna. Wszechstronne wykształcenie zapewniła Janowi matka. U jej boku wiódł życie na pół mnisze. Rozczytywał się w klasykach i uczył się ich na pamięć. Lubił jednak także rozrywkę i nie gardził młodzieńczymi figlami.
Chrzest przyjął dopiero, gdy miał 20 lat. To był punkt zwrotny w jego dotychczasowym życiu. Wstąpił do stanu duchownego. Święcenia kapłańskie przyjął w roku 385, gdy miał już ok. 36 lat.
W roku 387 w Antiochii wybuchły rozruchy przeciwko cesarzowi, Teodozemu I Wielkiemu. Rozjuszony tłum zaczął rozbijać pomniki cesarza, co wywołało ze strony władz represje. Wtedy to Jan wygłosił słynne Mowy wielkopostne, w których zganił popędliwość ludu, a równocześnie wstawiał się za nim. Wpłynął także na biskupa Antiochii, Flawiana, by ten osobiście wstawił się za swoim ludem u cesarza. Cesarz ogłosił amnestię i zakazał swojemu namiestnikowi represji. To zjednało Janowi wielką wdzięczność ludu i przydomek Złotousty (Chryzostom). Na jego kazania przybywały tłumy.
W roku 397 zmarł patriarcha Konstantynopola. Urząd ten cesarz ofiarował Janowi. Konsekrowany na biskupa przez patriarchę Aleksandrii, Jan z całym zapałem wziął się do pracy dla dobra swojej owczarni. Udało mu się najpierw pojednać ze Stolicą Apostolską biskupa Antiochii, Flawiana. W ten sposób zakończyła się przykra schizma z Rzymem.
Tradycja przypisuje św. Janowi Chryzostomowi autorstwo jednej z form celebracji Boskiej Liturgii, nazywanej jego imieniem, która do dziś jest praktykowana w obrządku bizantyjskim. Jest to tzw. zwyczajna (czyli odprawiana przez większą część roku) liturgia prawosławna i grekokatolicka.
Święty Jan Chryzostom Jan Złotousty zmarł w mieście Comana 14 września 407 r. Już w roku 428 Kościół w Konstantynopolu obchodził doroczną pamiątkę św. Jana Chryzostoma.
