W domu otrzymał wychowanie głęboko katolickie. Duży wpływ na jego późniejsze życie wywarła mamka Puthod i kapelan Deage. Jednak wpływ decydujący na wychowanie syna miała matka.
Umiała znaleźć czas na wszystko, była bardzo pracowita, systematyczna, spokojna i zapobiegliwa. Właśnie przykład matki będzie dla Franciszka wzorem, jaki poleci osobom żyjącym w świecie, by nawet wśród najliczniejszych zajęć umiały jednoczyć się z Panem Bogiem.
Kiedy Franciszek miał 11 lat, zgodnie z ówczesnym zwyczajem otrzymał tonsurę jako znak przynależności do stanu duchownego. Kiedy miał zaledwie 15 lat, udał się do Paryża, by studiować na tamtejszym słynnym uniwersytecie. Ponadto w kolegium jezuitów studiował klasykę. W czasie tych studiów owładnęły nim wątpliwości, czy się zbawi, czy nie jest przeznaczony na potępienie. Właśnie wtedy wystąpił we Francji Kalwin ze swoją nauką o przeznaczeniu. Franciszek odzyskał spokój dopiero wtedy, gdy oddał się w niepodzielną opiekę Matki Bożej w kościele św. Stefana des Gres. Franciszek studiował ponadto na Sorbonie teologię i zagadnienia biblijne.
Zgłosił się do swojego biskupa, by ten go przyjął w poczet swoich duchownych. Święcenia kapłańskie otrzymał w roku 1593 przy niechętnej zgodzie rodziców.
Miał dar nawiązywania kontaktu z ludźmi prostymi, umiał ich przekonywać, swoje spotkania okraszał złotym humorem. Na murach i parkanach rozlepiał ulotki – zwięzłe wyjaśnienia prawd wiary. Może dlatego właśnie Kościół ogłosił św. Franciszka Salezego patronem katolickich dziennikarzy. Wśród jego cnót na pierwszy plan wybijała się niezwykła łagodność.
W 1602 r. został biskupem Genewy po śmierci biskupa Graniera. Z właściwą sobie żarliwością zabrał się natychmiast do dzieła. Rozpoczął od wizytacji 450 parafii swojej diecezji, położonej po większej części w Alpach. Niestrudzenie przemawiał, spowiadał, udzielał sakramentów świętych, rozmawiał z księżmi, nawiązywał bezpośrednie kontakty z wiernymi. Wizytował także klasztory. Zreformował kapitułę katedralną. Zdając sobie sprawę, jak wielkie spustoszenia może sprawić ignorancja religijna, popierał Bractwo Nauki Chrześcijańskiej. Za podstawę nauczania wiary służył katechizm, ułożony niedawno przez kardynała św. Roberta Bellarmina. Sam także cały wolny czas poświęcał nauczaniu. Stworzył nowy ideał pobożności – wydobył z ukrycia życie duchowe, wewnętrzne, praktykowane w klasztorach, aby „wskazywało drogę tym, którzy żyją wśród świata”. W roku 1604 zapoznał się Franciszek ze św. Joanną Franciszką de Chantal i przy jej współpracy założył nową rodzinę zakonną sióstr Nawiedzenia NMP (wizytek).
Zmarł nagle w Lyonie, w drodze powrotnej ze spotkania z królem Francji, w dniu 28 grudnia 1622 r. Jego ciało przeniesiono do Annecy, gdzie spoczęło w kościele macierzystym Sióstr Nawiedzenia.
