W ciągu trzech lat odbył trzy razy wizytacje całej diecezji i zwołał trzy synody. Głosił kazania we wszystkie niedziele i święta. Starał się być wzorem dla swojego duchowieństwa. Jego ulubioną lekturą były żywoty świętych biskupów, z których pragnął czerpać wzory. W tym też czasie wydał drukiem Wyjaśnienie symbolu dla proboszczów, by dać im materiał do kazań.
Po śmierci Papieża Klemensa VIII Robert Bellarmin w czasie konklawe otrzymał pewną liczbę głosów. Pisał, że omalże nie został wybrany na papieża. Nowy Papież Paweł V natychmiast odwołał Bellarmina z Kapui do Rzymu, gdzie uczynił go członkiem wielu kongregacji rzymskich. Powierzył mu też egzaminowanie biskupów (jak wcześniej Klemens VIII). W tym czasie Bellarmin napisał trzy rozprawy i wydał je drukiem: W obronie Papieża przeciwko Pawłowi Sarpi; Protest do króla Anglii; wreszcie O władzy papieskiej przeciwko Wilhelmowi Bardayowi.
Wydał również drukiem komentarze do Psalmów (1611), a pod koniec życia jeszcze: O wzdychaniu gołębicy (1615) i O sztuce dobrego umierania (1620). Nadto pozostawił po sobie ogromną korespondencję.
W roku 1621 jako 79-letni senior po raz drugi wziął udział w konklawe, na którym wybrano na papieża Grzegorza XV. Czując, że opada już z sił, prosił nowego Papieża, aby mu pozwolił wrócić do klasztoru. Zamieszkał w domu nowicjatu przy kościele św. Andrzeja Apostoła. Niebawem zachorował. Umierającego odwiedził osobiście Papież. Kardynał Bellarmin zmarł 17 września 1621 r. Pius XI dokonał jego beatyfikacji w roku 1923. Tenże Papież niebawem wyniósł bł. Roberta Bellarmina do chwały świętych (1930). W roku 1931 ogłosił go także doktorem Kościoła.
Relikwie św. Roberta znajdują się w kościele św. Ignacego w Rzymie. Peleryna kardynalska św. Roberta Bellarmina przechowywana jest w Muzeum Towarzystwa Jezusowego Prowincji Polski Południowej w Starej Wsi k. Brzozowa. Bellarmin jest patronem kanonistów.
