Specjalny dekret nakazuje ścisłe poszanowanie praw i obowiązków własności oraz użytkowania miejsc świętych przez trzy główne wspólnoty: grecko-prawosławną, katolicką (rzymską/franciszkańską) oraz ormiańską apostolską.
Wnętrze bazyliki uderza rozległością i harmonią (26 × 54 m) pięciu naw, utworzonych przez cztery rzędy po dziesięć monolitycznych kolumn z czerwonego kamienia. Ściany i posadzka zachowały ślady pierwotnej świetności, choć posadzka została podniesiona o około 80 cm.
Wzdłuż naw 28 kolumn ozdobionych jest malowanymi wizerunkami świętych, którym towarzyszą inskrypcje w języku greckim i łacińskim.
Podwyższone prezbiterium znajduje się na skrzyżowaniu naw. Oddziela je od właściwego ołtarza wspaniały ikonostas w kolorach czerwieni i złota, wykonany w 1764 roku i pozłacany w 1853 roku, typowy dla świątyń obrządku grecko-prawosławnego.
Grota Narodzenia, dostępna z południowego transeptu, stanowi duchowe serce całego kompleksu. To tutaj, zgodnie z zasadami „Status Quo”, trzy wspólnoty posiadają odrębne jurysdykcje: grota należy do Greków i franciszkanów; żłóbek oraz ołtarz Trzech Króli są własnością franciszkanów; Ormianie mają prawo do okadzania i umieszczania ikon z okazji swojego Bożego Narodzenia (19 stycznia).
Z Groty Narodzenia można również dotrzeć do innych grot, należących do Kustodii Ziemi Świętej, oraz do kościoła św. Katarzyny, który również jest własnością franciszkanów.
Prawdziwym wyzwaniem dzisiaj nie jest jedynie utrzymanie i restauracja zabytkowych przestrzeni; prawdziwym wyzwaniem jest zachowanie chrześcijańskiej obecności w Betlejem – obecności dwutysiącletniej. Niestety, oddzielenie Betlejem od Jerozolimy, budowa muru, punkty kontrolne, które utrudniają dostęp pielgrzymom, a jeszcze bardziej codzienne przemieszczanie się mieszkańców, a także osiedla osadników, które w ostatnich latach gwałtownie rozrosły się wokół miasta, coraz bardziej duszą wspólnotę, która tam żyje.
Po dwóch Bożych Narodzeniach przeżytych bez pielgrzymów i bez uroczystych celebracji, przy zgaszonych światłach i w atmosferze wojny, wszyscy w Betlejem oczekiwali powrotu pielgrzymów na tegoroczne święta Bożego Narodzenia, aby móc wspólnie – chrześcijanie miejscowi i chrześcijanie z całego świata – celebrować wydarzenie, które zmieniło historię: narodziny Dzieciątka Jezus, Syna Bożego wcielonego i narodzonego z Dziewicy Maryi.
Z tego miejsca szczególnie prorocze i aktualne brzmią słowa wypowiedziane w Betlejem przez św. Papieża Pawła VI dnia 6 stycznia 1964 roku: „Opuszczając Betlejem, to miejsce czystości i spokoju, gdzie dwadzieścia wieków temu narodził się Ten, którego czcimy jako Księcia Pokoju, odczuwamy imperatywny obowiązek ponowienia wobec głów państw i wszystkich, którzy ponoszą odpowiedzialność za losy narodów, naszego naglącego apelu o pokój na świecie. Oby ci, którzy sprawują władzę, usłyszeli to wołanie naszych serc i wielkodusznie kontynuowali swoje wysiłki, aby zapewnić ludzkości pokój, do którego tak gorąco ona dąży. Niech czerpią od Wszechmogącego i z najgłębszych pokładów ludzkiego sumienia jaśniejsze zrozumienie, żarliwszą wolę oraz odnowionego ducha zgody i wielkoduszności, aby za wszelką cenę uchronić świat przed lękami i okropnościami nowej wojny światowej, której konsekwencje byłyby nieobliczalne. Niech jeszcze skuteczniej współpracują, aby zaprowadzić pokój w prawdzie, sprawiedliwości, wolności i braterskiej miłości”.
