Jego charyzmatyczne kazania sprawiły, że naraził się starszyźnie żydowskiej, która podburzyła lud, przedstawiając w Sanhedrynie fałszywych świadków i oskarżając Szczepana o bluźnierstwo przeciw Świątyni i Prawu. Po rozprawie tłum wywlókł młodego diakona za miasto i tam, w pobliżu Bramy Damasceńskiej, ukamienował za wiarę. Dlatego katolicy we wspomnienie tego świętego modlą się za chrześcijan prześladowanych na całym świecie.
Kult pierwszego diakona i męczennika rozwinął się natychmiast po jego śmierci. Jednakże wskutek prześladowań chrześcijan, zapoczątkowanych właśnie jego śmiercią, potem też w wyniku najazdu Rzymian i innych nieszczęść, zapomniano o jego grobie. Dopiero w 415 r. św. Lucjan miał sen, w którym ukazał mu się Gamaliel, nauczyciel św. Pawła, i wskazał miejsce pochowania św. Szczepana w Kifaz-Gamla. W miejscu tym biskup Jerozolimy – Jan wystawił murowaną bazylikę, a drugą w miejscu, gdzie św. Szczepan miał być ukamienowany. Potem szczątki świętego znalazły się w Konstantynopolu, a w 560 r. dotarły do Rzymu, gdzie umieszczono je w bazylice św. Wawrzyńca za Murami.
W ikonografii święty jest przedstawiany najczęściej w scenie kamienowania lub jako młody diakon, w dalmatyce, a jego atrybutami są: gałąź palmowa, księga Ewangelii, kamienie.
W państwie Karolingów, a następnie w innych krajach zachodnich i północnych, św. Szczepan stał się patronem koni, dlatego 26 grudnia święcono owies. Ma on symbolizować zarówno kamienie spadające na pierwszego męczennika, jak i troskę rolników o dobre plony.
Pierwszy męczennik, czyli Protomartyr, jest patronem woźniców, stangretów, stajennych, murarzy, krawców, kamieniarzy, tkaczy, stolarzy, bednarzy. Wzywany jest w przypadku bólu głowy, kamicy, kolki i opętania, a także w modlitwie o dobrą śmierć.
Ponad 80 miejscowości w Polsce wywodzi swoją nazwę od imienia św. Szczepana. Wśród nich jest Szczepanów – wieś, w której urodził się św. Stanisław Biskup i Męczennik.
