Miquel Josep Serra urodził się 24 listopada 1713 r. w Petrze na Majorce. Już w szkole zetknął się z franciszkanami. Wstąpił do nich w roku 1730. Gdy później składał śluby zakonne, nadano mu imię Junipero.
Studia odbył w Palmie i tam też zdobył doktorat z teologii. W 1736 r. otrzymał święcenia kapłańskie. Był następnie kaznodzieją i spowiednikiem. Przez trzy lata wykładał filozofię, po czym powołano go na uniwersytet Rajmunda Lulla, gdzie w latach 1744-1749 wykładał teologię.
Z kazaniami zapraszano go do kościołów na całej wyspie. W 1748 r. poczuł się powołany do pracy misyjnej. Rok później znajdował się już w Veracruz, w Meksyku. Pieszo dotarł stamtąd do miasta Meksyk, następnie wyruszył do Sierra Gorda, bo chciał pracować wśród Indian. Niebawem zaczął głosić kazania w miejscowym narzeczu i przystąpił do budowy kościoła.
W 1751 r. został przełożonym pięciu okolicznych stacji misyjnych. Rok później mianowano go komisarzem inkwizycji dla całej Nowej Hiszpanii. Zrezygnował jednak z tego stanowiska i osiadł w stacji misyjnej w Jalpan. Na życzenie przełożonych odbudowywał następnie placówkę
w San Saba, w Teksasie; potem zaś pracował w kolegium św. Ferdynanda i był mistrzem nowicjuszy zakonu. W wielu diecezjach Meksyku głosił misje ludowe.
Gdy w roku 1767 jezuitów wydalono z Kalifornii, prowadzone przez nich misje powierzono franciszkanom. Mianowany ich przełożonym, Junipero ruszył z czternastoma towarzyszami do Dolnej Kalifornii. W roku 1769 założył placówkę w San Diego. Potem przyszła kolej na Górną Kalifornię, gdzie założono San Carlos de Monterrey (od roku 1777 była to stolica Kalifornii), San Antonio, San Gabriel i San Luis Obispo. Mimo sześćdziesięciu lat życia Junipero pieszo przemierzał długie trasy i wizytował zakładane przez siebie placówki misyjne. Od 1775 r. osobiście pilnował odbudowy misji w San Diego.
Nazywany apostołem Kalifornii, w roku 1782 założył jeszcze stację misyjną San Buenaventura, po czym wrócił do stacji położonej nad rzeką Carmelo. Troskę o misje powierzył wtedy ukochanemu uczniowi, Franciszkowi Palou.
Zmarł 28 sierpnia 1784 r. niedaleko Monterrey. Od roku 1931 jego statua przyozdabia Salę Kongresu w Waszyngtonie. Święty Jan Paweł II beatyfikował go
w 1988 r., a Papież Franciszek dokonał jego kanonizacji
24 września 2015 r. podczas Mszy św. sprawowanej w katedrze w Waszyngtonie.
