Wcześnie stracił matkę i starszego brata. W roku 1596 rozpoczął studia na uniwersytecie w Barcelonie, który prowadzili wówczas jezuici. Zawarł z nimi przyjaźń i wstąpił w ich szeregi.
Studia teologiczne Piotr odbywał w Barcelonie (1608-1610). Właśnie w tym czasie jezuici otworzyli w Kolumbii misję. Piotrowi nakazano przerwać studia i wyjechać tam do pracy wśród niewolników, których wówczas masowo zwożono z Afryki w charakterze niewolników – jako darmowej, najtańszej siły roboczej. Przewożeni w najprymitywniejszych warunkach, często nieszczęśliwi, nie wytrzymywali długiej podróży. Bezceremonialnie wyrzucano ich wtedy na pożarcie rekinom, które gromadami towarzyszyły tragicznym konwojom. Epidemie niemniej licznie dziesiątkowały ofiary barbarzyństwa. Nie znano bowiem współczesnych środków sanitarnych, zresztą uważano je za rzecz zbędną.
Wstrząśnięty niedolą i krzywdą braci z Afryki, Piotr Klawer oddał się posłudze wobec nich; stał się niewolnikiem niewolników. Swoim bezgranicznym poświęceniem chciał chociaż w małej części wynagrodzić im krzywdę.
Siły do ponadczterdziestoletniej posługi Piotr Klawer znajdował w rozważaniu Męki Pańskiej, w codziennej Mszy Świętej i w serdecznym nabożeństwie do Matki Bożej. Odszedł po nagrodę do nieba 8 września 1654 roku. Choć proces beatyfikacyjny rozpoczęto na tyle wcześnie, że zeznania złożyli bezpośredni współpracownicy Piotra Klawera (w tym niewolnicy-tłumacze), jednak dopiero po 200 latach Papież Pius IX w roku 1851 włączył go do grona błogosławionych. Powodem tego opóźnienia było zawieszenie procesu w okresie kasaty zakonu jezuitów. Papież Leon XIII zaliczył Piotra Klawera do grona świętych.
