W tym też roku Maria Merkert została wybrana na pierwszą przełożoną generalną Zgromadzenia Sióstr św. Elżbiety. Funkcję tę pełniła przez 13 lat, aż do śmierci. 5 maja
1860 r. złożyła śluby zakonne: oprócz czystości, ubóstwa
i posłuszeństwa także posługi chorym i najbardziej potrzebującym. W Nysie wybudowała dom macierzysty,
a pod jej kierownictwem powstało 90 domów zakonnych, 12 szpitali i wiele domów opieki aż w 9 diecezjach (chełmińskiej, gnieźnieńsko-poznańskiej, warmińskiej, wrocławskiej, Fulda, Ołomuniec, Osnabrück, Praga, Paderborn) i 2 wikariatach apostolskich (Saksonii
i Szwecji). 7 czerwca 1871 r. Papież Pius IX udzielił aprobaty założonemu przez nią zgromadzeniu.
Zmarła w opinii świętości 14 listopada 1872 r. w Nysie.
W chwili śmierci matki założycielki zgromadzenie liczyło 465 sióstr w 87 domach.
Obecnie jej doczesne szczątki spoczywają w marmurowym sarkofagu w kościele pw. św. Jakuba i św. Agnieszki. Proces beatyfikacyjny przeprowadzono w latach 1985--1997. Dekret o heroiczności cnót ogłosił Papież św. Jan Paweł II 20 grudnia 2004 r., a Papież Benedykt XVI
w czerwcu 2007 r. zatwierdził dekret o cudzie za wstawiennictwem Marii Merkert. Za cud konieczny do beatyfikacji zostało uznane uzdrowienie z gruźlicy jednej
z elżbietanek, siostry Miry. 30 września 2007 r. w Nysie odbyła się uroczystość beatyfikacyjna. Na obrazie beatyfikacyjnym przedstawiono scenę oddania przez
bł. m. Marię Mekert swoich butów ubogiej proszącej
u furty klasztornej.
