Zdecydował się wstąpić do nowicjatu jezuitów. W Meksyku nastał antyklerykalny rząd, który rozwiązał wszystkie zakony. Nowicjuszy przeniesiono wtedy do Kalifornii.
Po złożeniu ślubów czasowych Michał wyjechał do Europy, by studiować filozofię i teologię w Hiszpanii i Belgii. Na kapłana wyświęcony został w 1925 r., kiedy to w obliczu antychrześcijańskich nastrojów w wielu częściach świata Papież Pius XI ustanowił uroczystość Chrystusa Króla Wszechświata.
Mimo że po powrocie do ojczyzny w Meksyku nadal panowały antykatolickie rządy, Michał potajemnie odprawiał Msze Święte w prywatnych domach, spowiadał, udzielał sakramentów i odwiedzał chorych, bo katolicy pozbawieni zostali przez liberalny reżim możliwości uczestniczenia w Eucharystii i posługi kapłańskiej. Wspomagał chętnie ubogich, organizując dla nich pomoc.
Niestety, po prawie dwóch latach działań w ukryciu nastąpił niespodziewany obrót spraw. W niedzielę 13 listopada 1927 r. ktoś w nieudanym zamachu bombowym usiłował zabić prezydenta Álvaro Obregón. Ani o. Michał, ani jego bracia nie brali udziału w spisku, ale samochód jednego
z nich był taki sam, jak samochód użyty podczas próby zamachu. Nie miało znaczenia, że auto jezuitów kilka dni wcześniej zostało sprzedane.
Aresztowano Michała wraz z dwoma rodzonymi braćmi: Hubertem i Robertem. 22 listopada osądzono ich i wydano wyrok śmierci (Robert w ostatniej chwili został ułaskawiony).
Następnego dnia o. Michał stanął przed plutonem egzekucyjnym. W jednej ręce ściskał metalowy krzyżyk, który otrzymał w dniu swoich pierwszych ślubów, a w drugiej różaniec. Zanim został rozstrzelany, przebaczył wszystkim i poprosił o chwilę modlitwy, którą odmówił, klęcząc i przytulając do piersi krzyż. Potem z różańcem
w lewej, a z krzyżem w prawej, wyciągnął ręce na kształt krzyża i czekał na śmierć. Gdy padł rozkaz do strzału, zawołał: „Vivo Cristo Rey!” – „Niech żyje Chrystus Król”. Pięć kul utkwiło w jego ciele. Gdy już upadł, jeden
z podoficerów strzelił mu w głowę, by mieć pewność,
że na pewno nie żyje.
Szef miejscowej policji po egzekucji powiedział: „Dobrze wiem, że był niewinny, ale trzeba było zabić kapłana, aby inni się bali”. Pogrzeb Michała Augustyna Pro był początkiem jego kultu. Uczestniczyło w nim – mimo zakazu – około 20 tysięcy wiernych. Ojca Pro beatyfikował św. Jan Paweł II 25 września 1988 r. razem z innymi męczennikami meksykańskimi początku XX wieku.
