Był na trzecim roku studiów, kiedy we wrześniu 1589 roku przybył do Kolegium Rzymskiego św. Robert Bellarmin; wezwał on Alojzego, by powrócił do Castiglione i pojednał swojego brata Rudolfa z ojcem, który chciał wydziedziczyć syna tylko za to, że ten odważył się wejść w związek małżeński z osobą niższego stanu. Po załagodzeniu sporu Alojzy wrócił do Rzymu na czwarty rok studiów teologicznych, który miał zakończyć święceniami kapłańskimi (1590).
Wyroki Boże były jednak inne. W latach 1590-1591 Rzym nawiedziła epidemia dżumy. Alojzy prosił przełożonych, by zezwolili mu posługiwać zarażonym. Wraz z innymi klerykami udał się na ochotnika do szpitala św. Sykstusa oraz do szpitala Matki Bożej Pocieszenia. Wyczerpany studiami i umartwieniami organizm kleryka uległ zarazie. Alojzy zmarł jako kleryk, bez święceń kapłańskich,
21 czerwca 1591 r. w wieku zaledwie 23 lat.
Sława św. Alojzego była tak wielka, że już w roku 1605 Papież Paweł V ogłosił go błogosławionym. Kanonizacja odbyła się w roku 1726. Dokonał jej Papież Benedykt XIII jednocześnie z kanonizacją św. Stanisława Kostki. Ten sam Papież ogłosił w 1729 r. św. Alojzego patronem młodzieży, szczególnie młodzieży studiującej. W 1926 r. Papież Pius XI ogłosił św. Alojzego patronem młodzieży katolickiej. Jego relikwie spoczywają w kościele św. Ignacego w Rzymie.
Szczególnym nabożeństwem do Świętych Stanisława Kostki i Alojzego Gonzagi wyróżniał się św. Robert Bellarmin. Miał on ich wizerunki w swoim pokoju. Nie mniej serdecznym nabożeństwem do św. Alojzego wyróżniał się św. Jan Bosko. Ku jego czci obchodził nabożeństwo 6 niedziel przygotowujących do dnia św. Alojzego, który obchodził bardzo uroczyście. Swoje drugie z kolei oratorium, w Turynie, nazwał właśnie jego imieniem.
Patron dnia – św. Alojzy Gonzaga
Jesienią 1585 r. Alojzy uczestniczył w publicznej dyspucie filozoficznej w słynnym Kolegium Rzymskim, gdzie olśnił wszystkich subtelnością i siłą argumentacji. Zaraz potem otrzymał święcenia niższe i został skierowany przez przełożonych na studia teologiczne.
