Publicznie najchętniej pojawiał się w pancerzu rycerza, nosząc miecz, sztylet i oręż wszelkiego rodzaju. Kiedy po latach opowiadał współbraciom o swoim życiu, wyznał, że do 30. roku życia oddawał się marnościom świata, że z próżnej żądzy sławy jego największą rozkoszą były ćwiczenia rycerskie. W czasie walk hiszpańsko-francuskich znalazł się w oblężonej Pampelunie. Zraniony poważnie w 1521 r. przez kulę armatnią w prawą nogę, został przewieziony do rodzinnego zamku.
Długie miesiące rekonwalescencji były dla niego okresem łaski i gruntownej przemiany.
Gdy tylko Iñigo wyzdrowiał (chociaż na nogę kulał całe życie), opuścił rodzinny zamek i udał się do pobliskiego sanktuarium maryjnego, Montserrat. Zdumionemu żebrakowi oddał swój kosztowny strój rycerski. Przed cudownym wizerunkiem Maryi złożył swoją broń. Stąd udał się do Manrezy, gdzie zamieszkał w celi, użyczonej mu przez dominikanów. I tu jednak wydawało mu się, że ma za wiele wygód. Dlatego zamieszkał w jednej z licznych grot. Codziennie bywał u dominikanów na Mszy Świętej. Oddawał się modlitwie i rozważaniu Męki Pańskiej. Szatan dręczył go gwałtownymi pokusami aż do myśli o samobójstwie. W takich zmaganiach powstał szkic jego najważniejszego dzieła, jakim są „Ćwiczenia duchowne”. Formę ostateczną otrzymały one dopiero w 1540 roku. Były więc owocem 19 lat przemyśleń i kontemplacji.
Na uniwersytecie paryskim Ignacy zapoznał się i zaprzyjaźnił ze św. Piotrem Faberem i ze św. Franciszkiem Ksawerym. Do ich trójki dołączyli niebawem Jacob Laynez, Alfonso Salmerón, Nicolás Bobadilla, Simão Rodrigues i Hieronim Nadal. Wszyscy zebrali się rankiem 15 sierpnia 1534 roku w kapliczce na zboczu wzgórza Montmartre i tam w czasie Mszy Świętej, odprawionej przez Piotra Fabera, który miesiąc wcześniej otrzymał święcenia kapłańskie, złożyli śluby ubóstwa, czystości oraz wierności Kościołowi, a zwłaszcza Ojcu Świętemu. W ten sposób powstał nowy zakon, zwany Towarzystwem Jezusowym.
Liczba członków Towarzystwa bardzo szybko rosła. Przez ostatnich 16 lat życia Ignacy był przykuty do swojego biurka i rzadko opuszczał progi domu generalnego swego zakonu, by być zawsze do dyspozycji duchowych synów. Zmarł 31 lipca 1556 r.
Pozostawił po sobie 7 tysięcy listów, zawierających nieraz cenne pouczenia duchowe, „Opowiadanie pielgrzyma” oraz „Dziennik duchowy” – świadectwo mistyki ignacjańskiej.
W ewolucji chrześcijańskiej duchowości szczególne znaczenie mają Konstytucje zakonu. Szczególnie obfity owoc wydają do dziś „Ćwiczenia duchowe”
– pierwowzór rekolekcji. W swoim nauczaniu Ignacy przypominał, że człowiek musi dokonać pewnego wysiłku, aby współpracować z Bogiem.
Zakon jezuitów odegrał szczególną rolę w Polsce. Wydał między innymi takie postaci, jak: św. Stanisław Kostka i św. Andrzej Bobola – patroni Polski, św. Melchior Grodziecki oraz Jakub Wujek (tłumacz pierwszej drukowanej Biblii w Polsce), Piotr Skarga.
