Pochodził z możnej rodziny. Jego ojciec był oficerem cesarskim. Wcześnie osierocił syna. Wszechstronne wykształcenie zapewniła Janowi matka. U jej boku wiódł życie na pół mnisze. Rozczytywał się w klasykach i uczył się ich na pamięć. Lubił jednak także rozrywkę i nie gardził młodzieńczymi figlami.
Chrzest przyjął dopiero w wieku 20 lat. To był punkt zwrotny w jego dotychczasowym życiu. Wstąpił do stanu duchownego. Święcenia kapłańskie przyjął w roku 385, gdy miał już ok. 36 lat.
W roku 387 w Antiochii wybuchły rozruchy przeciwko cesarzowi, Teodozemu I Wielkiemu. Rozjuszony tłum zaczął rozbijać pomniki cesarza, co wywołało ze strony władz represje. Wtedy to Jan wygłosił słynne mowy wielkopostne, w których zganił popędliwość ludu, a równocześnie wstawiał się za nim. Wpłynął także na biskupa Antiochii, Flawiana, by ten osobiście wstawił się za swoim ludem u cesarza. Cesarz ogłosił amnestię i zakazał swojemu namiestnikowi represji. To zjednało Janowi wielką wdzięczność ludu i przydomek Złotousty (Chryzostom). Na jego kazania przybywały tłumy.
W roku 397 zmarł patriarcha Konstantynopola. Urząd ten cesarz ofiarował Janowi. Konsekrowany na biskupa przez patriarchę Aleksandrii Jan z całym zapałem wziął się do pracy dla dobra swojej owczarni. Udało mu się najpierw pojednać ze Stolicą Apostolską biskupa Antiochii, Flawiana. W ten sposób zakończyła się przykra schizma z Rzymem. Na swoim dworze Jan zniósł wszelki przepych, jakim dotąd otaczali się jego poprzednicy. Zachęcał swoje duchowieństwo do podobnej reformy. Lud zjednał sobie wspaniałymi kazaniami, jakie regularnie głosił, i troską o potrzeby zwykłych ludzi. Piętnował nadużycia, nie szczędząc także dworu cesarskiego. Dla ubogich i bezdomnych wystawiał gospody i schroniska. Użyczył azylu nawet ministrowi cesarskiemu, kiedy ten popadł w niełaskę. Wysyłał misjonarzy na obszary objęte przez Arabów.
Tradycja przypisuje św. Janowi Chryzostomowi autorstwo jednej z form celebracji Boskiej Liturgii, nazywanej jego imieniem, która do dziś jest praktykowana w obrządku bizantyjskim. Jest to tzw. zwyczajna (czyli odprawiana przez większą część roku) liturgia prawosławna i grekokatolicka.
Z czasem pojawili się przeciwnicy radykalnego patriarchy. Duchowni mieli mu za złe, że zbyt wiele od nich wymagał; klasztory – że wprowadzał w nich pierwotną karność, a zwalczał rozluźnienie obyczajów.
Wrogowie Jana pod przewodnictwem patriarchy Aleksandrii, Teofila, posunęli się do tego, że usunęli Jana z urzędu patriarchy, a cesarzowa skazała go na banicję. Wywieziono go do Prenetos w Bitynii. Lud jednak tak gwałtownie wystąpił w obronie swego pasterza, że cesarzowa była zmuszona przywrócić biskupowi wolność.
Spokój trwał jednak krótko.
Cesarzowa kazała wystawić sobie pomnik przed samą katedrą Mądrości Bożej, gdzie urządzano krzykliwe festyny i zabawy, nielicujące ze świętym miejscem. Jan potępił to w kazaniu z całą stanowczością. W odwecie cesarzowa zwołała do Konstantynopola synod swoich zwolenników, który ponownie deponował Jana. Na mocy orzeczeń tegoż synodu, w roku 404, cesarzowa skazała Jana na wygnanie. Wśród szykan i niewygód prowadzono go do Cezarei Kapadockiej, stąd do Tauru, wreszcie do Pontu nad Morzem Czarnym. Zima była bardzo surowa, co wymagało od biskupa szczególnego hartu. On jednak nie załamał się. Pisał listy do papieża oraz do wpływowych i wiernych sobie osób. Papież pięknym listem pochwalił bohaterstwo Chryzostoma i wysłał legatów w jego obronie do Konstantynopola. Dwór cesarski jednak ich nie przyjął.
Jan Złotousty zmarł w drodze, w mieście Comana, 14 września 407 r. Już w roku 428 Kościół w Konstantynopolu obchodził doroczną pamiątkę św. Jana Chryzostoma.
