Życie ascetyczne, a przy tym jego wielka roztropność
w rządzeniu, zwróciły uwagę cesarza Henryka IV,
za którego poparciem Benon został biskupem Miśni (Saksonia w południowo-wschodnich Niemczech).
Czas posługi pasterskiej Benona to trudny okres. Wybuchła wówczas otwarta wojna między cesarzem a Papieżem
św. Grzegorzem VII. Benon opowiedział się po stronie Papieża i jego reform. Cesarz najechał na jego diecezję
i ograbił jej dobra biskupie. Benon musiał uciekać. Dopiero kiedy Papież obłożył cesarza klątwą i ten był zmuszony udać się do Canossy, Benon mógł powrócić na swoją stolicę. Kiedy jednak Henryk IV ponownie wypowiedział Papieżowi wojnę i zmusił go do opuszczenia Rzymu, zemścił się także i na Benonie, deponując go na sejmie
w Moguncji.
Papież Grzegorz VII zmarł w 1085 r. Benon, przekonany,
że antypapież Klemens III jest jego prawowitym następcą, udał się do Włoch, by mu złożyć homagium. Kiedy jednak dowiedział się, że prawowitym namiestnikiem Chrystusa jest bł. Urban II, opowiedział się za nim. W swojej diecezji przywrócił karność kościelną i uzdrowił administrację. Mimo podeszłego wieku do ostatniej chwili posługiwał
w swojej diecezji słowem i listami pasterskimi. Zmarł prawdopodobnie 16 czerwca ok. 1106 r., mając ponad
90 lat.
