Atmosfera domu była przesiąknięta głęboką wiarą, zarówno matka, jak i ojciec należeli do Sodalicji Mariańskiej. W wieku trzech lat Jan przeszedł ciężką szkarlatynę, po której częściowo stracił słuch.
Po maturze zdanej w Krakowie rozpoczął studia techniczne we Lwowie i ukończył je jako inżynier architekt. W międzyczasie brał udział w obronie Lwowa w roku 1920 i otrzymał za męstwo okazane w na polu bitwy Krzyż Walecznych.
Gdy w 1921 roku zaczęto we Lwowie organizować katolickie stowarzyszenie młodzieży „Odrodzenie”, Jan Czartoryski był jednym z jego założycieli. W 1924 roku odbył własne rekolekcje w klasztorze redemptorystów w Krakowie pod kierunkiem o. Bernarda Łubieńskiego.
W 1926 roku, po długich wakacjach spędzonych w podróży po Francji i Belgii, Jan wstąpił do seminarium duchownego obrządku łacińskiego we Lwowie. Po krótkim pobycie w seminarium opuścił je, a w rok później, 18 września 1927 roku, przyjął w Krakowie w kaplicy św. Jacka habit dominikański i rozpoczął nowicjat. W zakonie otrzymał imię Michał. Po roku złożył śluby zakonne. Już w trzy lata później otrzymał święcenia kapłańskie. Po ukończeniu studiów teologicznych został wychowawcą najpierw braci nowicjuszy, a potem studentów.
Wiosną 1944 r. został skierowany do klasztoru na Służewie w Warszawie. Wybuch Powstania Warszawskiego zaskoczył o. Michała na Powiślu. Ponieważ w wyniku walk została odcięta możliwość powrotu do klasztoru, zgłosił się do dowództwa walczącego na Powiślu III Zgrupowania AK „Konrad” i został kapelanem powstańców. Większość czasu spędzał w szpitalu zorganizowanym w piwnicach firmy „Alfa-Laval” u zbiegu ulic Tamka i Smulikowskiego, opiekując się rannymi, niosąc otuchę i posługę duszpasterską. W zorganizowanej przez siebie kaplicy odprawiał Msze św.
W nocy z 5 na 6 września 1944 r. odziały III Zgrupowania AK „Konrad” wycofały się z Powiśla do Śródmieścia. W szpitalu pozostali ciężko ranni żołnierze, kilka osób z personelu medycznego, cywile i o. Michał. Po wkroczeniu oddziałów niemieckich cywile oraz sanitariuszki zostali wyprowadzeni z piwnic i mogli opuścić miasto. Ojciec Michał był gorąco zachęcany przez przyjaciół, aby zdjął habit i w cywilnym ubraniu wyszedł ze szpitala. Nie przyjął tych propozycji; jak przekazał jeden ze świadków, „łagodnie uśmiechnął się i powiedział, że szkaplerza nie zdejmie i rannych, którzy są zupełnie bezradni i unieruchomieni w łóżkach nie opuści”. Niemcy zatrzymali go w szpitalu. Około godziny 14 w szpitalnym pomieszczeniu został rozstrzelany wraz z ciężko rannymi powstańcami, z którymi pragnął pozostać. Ciała zabitych wywleczono na barykadę, oblano benzyną i podpalono. Ocalałe resztki pochowano tymczasowo na podwórzu pobliskiego domu. Kiedy w rok później przeprowadzono ekshumację szczątek w celu przeniesienia ich do wspólnego grobu powstańców na Woli, ciała o. Michała już nie rozpoznano.
Został beatyfikowany przez św. Jana Pawła II 13 czerwca 1999 r. w Warszawie w gronie 108 męczenników II wojny światowej.
