Kierując się chęcią zapewnienia ciągłości zapoczątkowanej przez siebie działalności wydawniczej, 31 lipca 1920 r. założył Zgromadzenie Sióstr Loretanek, które kontynuują dzieło ks. Kłopotowskiego, prowadząc drukarnię oraz wydawnictwo, w którym ukazuje się wiele pism i książek.
Ks. Ignacy przyczynił się do powstania domów noclegowych, przytułków dla starców i kobiet oraz ochronek dla dzieci i młodzieży również w Warszawie. W 1928 r. założył Loretto k. Wyszkowa – ośrodek kolonijny dla biednych dzieci i dla staruszek. Dziś Loretto stało się sanktuarium Matki Bożej Loretańskiej.
Ks. Kłopotowski organizował dla najbiedniejszych bezpłatne kuchnie, kolonie, ochronki. Do dziś w budynku przy ul. Sierakowskiego 6 siostry loretanki prowadzą Dom Ojca Ignacego – świetlicę dla dzieci z najuboższych rodzin z terenu warszawskiej Pragi.
Ludzie, którzy zetknęli się z nim, nazywali go „prawdziwym ojcem, opiekunem sierot”. Jako kapłan odznaczał się wielką gorliwością, umiłowaniem Boga i bliźniego, wiernością modlitwie, szczególną czcią Najświętszej Eucharystii i gorącym nabożeństwem do Matki Najświętszej.
Proces beatyfikacyjny ks. Ignacego Kłopotowskiego rozpoczęto w 1988 r. W grudniu 2004 r. w obecności Papieża św. Jana Pawła II ogłoszono dekret o heroiczności cnót ks. Ignacego. 3 maja 2005 r. Stolica Apostolska orzekła, że złożone w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych udokumentowane świadectwo uzdrowienia ks. Antoniego Łatko z Szerokiej ma charakter cudu dokonanego za pośrednictwem ks. Kłopotowskiego. Beatyfikacja ks. Ignacego odbyła się 19 czerwca 2005 r. w Warszawie.
