Jan urodził się 6 stycznia 1500 r. w Almodóvar del Campo, w hiszpańskiej rodzinie szlacheckiej o korzeniach żydowskich. Już jako 14-latek podjął studia prawnicze na uniwersytecie w Salamance, a potem studiował filozofię i teologię w seminarium w Alcalá. Po śmierci rodziców rozdał majątek ubogim. Po przyjęciu święceń kapłańskich zaprosił do stołu na obiad prymicyjny dwunastu żebraków i osobiście im usługiwał.
Pragnął wyjechać na misje do Ameryki, ale arcybiskup Sewilli zlecił mu wędrowne misje ludowe. Przemierzał więc całą Andaluzję, katechizując dzieci i ucząc dorosłych modlitwy, a nade wszystko spowiadał. Ponieważ nie przyjmował ofiar za intencje mszalne, wiódł bardzo ubogi żywot.
Do historii przeszedł nie tylko jako misjonarz ludowy, mistyk, wykładowca akademicki i autor dzieł o życiu duchowym, które wysoko cenili m.in. św. Franciszek Salezy i św. Alfons Liguori. Był bowiem też porywającym kaznodzieją, a głoszone przez niego nauki doprowadziły do niejednego nawrócenia. Za przykład można podać tu osobę wicekróla Katalonii, który tak bardzo był poruszony kazaniem Jana wygłoszonym podczas pogrzebu królowej Izabeli Portugalskiej, że wstąpił do jezuitów. Nam współcześnie jest on znany jako św. Franciszek Borgiasz.
Do grona duchowych podopiecznych Jana, z którymi prowadził korespondencję, należeli także święci: Ludwik z Granady, Ignacy Loyola i Teresa z Ávili.
Zmarł 10 maja 1569 r. w Montilli koło Kordoby. Klemens XIII ogłosił go Sługą Bożym 8 lutego 1759 r. Beatyfikował go natomiast Papież Leon XIII 4 kwietnia 1894 r. W dniu 31 maja 1970 r. kanonizował go Papież Paweł VI, który uważał, że Jan powinien być wzorem do naśladowania dla wszystkich współczesnych księży, cierpiących na kryzys tożsamości. 7 października 2012 r. Papież Benedykt XVI ogłosił św. Jana z Ávili doktorem Kościoła powszechnego.
