Jego rodzice Arnold Jan i Marianna Kierska wychowali go w wierze chrześcijańskiej. Do chrztu podawało go dwoje bezdomnych z przytułku sąsiadującego z majątkiem rodzinnym. Prawdopodobnie odwiedzając ich, młody Melchior poznał trudny los ludzi ubogich.
Ukończył szkołę parafialną w Buku, a następnie kolegium humanistyczne jezuitów w Poznaniu, założone przez ks. Jakuba Wujka, autora polskiego przekładu Biblii. W 1712 roku zaciągnął się do wojska, prawdopodobnie jako zwolennik króla Stanisława Leszczyńskiego, gdzie przez trzy lata doszedł do stopnia oficerskiego i został komendantem chorągwi (w tej kwestii biografowie nie są zgodni; niektórzy uważają, że służył w rajtarii króla Augusta II Sasa, pod marszałkiem Joachimem Flemmingiem).
Trzy lata później opuścił wojsko, gdzie cierpiał, widząc demoralizację żołnierzy i nie mogąc pogodzić się z bratobójczymi walkami (był to okres wojen między zwolennikami dwóch królów, wspominany do dziś w przysłowiu „Od Sasa do Lasa”). Wkrótce potem wstąpił do franciszkanów konwentualnych w Krakowie. 4 kwietnia 1715 r. został obłóczony i otrzymał imię zakonne Rafał. Śluby wieczyste złożył już 26 kwietnia następnego roku, a w czerwcu 1717 r. przyjął święcenia kapłańskie. Życie ascetyczne łączył z posługą misyjną. Przebywał w klasztorach w Radziejowie, Poznaniu, Warszawie, Kaliszu, Gnieźnie i Warce nad Pilicą. Najdłużej pracował w Łagiewnikach koło Łodzi i w Krakowie. Niektórzy biografowie uważają, że powodem tak częstych przenosin była okazywana biednym miłość, bo o. Rafał rozdawał na jałmużnę wszystko, co sam miał, a często też całe zapasy klasztornej spiżarni. We wszystkich miejscach, gdzie posługiwał, z zapałem głosił kazania i prowadził katechizację, dał się poznać jako doskonały spowiednik. Szerzył apostolstwo miłości i miłosierdzie wśród biednych, cierpiących, kalek – dla których był troskliwym i cierpliwym opiekunem. Ponad wszystko przedkładał miłość do Boga. Powtarzał często: „Miłujmy Pana, wychwalajmy Pana zawsze, nigdy Go nie obrażajmy”.
Dla wynagrodzenia Panu Bogu za grzechy świata wybrał drogę pokuty, licznych umartwień, wyrzeczeń i surowych postów (pod habitem nosił włosiennicę, a spał zawsze w nieogrzewanej celi). Z radością wychwalał Pana, wiele czasu poświęcał na modlitwę osobistą. Swoim życiem w zgodzie z Ewangelią wyrażał ogromną miłość do Boga. Był gorącym orędownikiem ufności w łaskawość Boga i wstawiennictwo Najświętszej Maryi Panny, którą czcił z ogromną pobożnością i synowskim oddaniem. Jego pobożność oraz miłosierdzie zjednały mu za życia opinię świętości.
Kiedy w 1736 roku wybuchła epidemia w Krakowie, niezwłocznie pospieszył z pomocą, opiekując się troskliwie chorymi i umierającymi. Nie dbając o swoje bezpieczeństwo, spędzał w lazarecie dnie i noce, wykonując wszelkie posługi przy chorych, pocieszając, spowiadając i przygotowując konających na śmierć. Po dwóch latach, gdy epidemia w Krakowie ustała, powrócił do Łagiewnik, gdzie opiekował się ubogimi, rozdając im jedzenie i ubranie. Pełną miłości i pokory opiekę nad chorymi przerwała choroba, zmuszając go do pozostania w celi zakonnej. Chorując przez trzy tygodnie, dawał przykład wielkiej cierpliwości, z jaką znosił wszelkie cierpienia. Współbracia uważali, że przepowiedział dzień swojej śmierci, prosząc w przededniu o udzielenie sakramentów.
Zmarł 2 grudnia 1741 r. w Łagiewnikach koło Łodzi. Tam znajdują się jego relikwie, do których pielgrzymki rozpoczęły się niemal od razu po pogrzebie.
