W jego życiu dokonuje się przemiana, którą moglibyśmy nazwać radykalną; przemiana z pewnością niezwykła u dziecka w jego wieku. Franciszek podejmuje głębokie życie duchowe, które wyraża się w wytrwałej i żarliwej modlitwie, osiągającej szczyt prawdziwego zjednoczenia mistycznego z Bogiem. To ona też prowadzi go do stopniowego oczyszczenia duchowego poprzez wyrzekanie się przyjemności, a nawet niewinnych zabaw dziecięcych.